#!/bin/sh #SBATCH --gpus=1 #SBATCH -N 1 # colabfold_batchを実行 export PATH="/fsx/colabfold/localcolabfold/colabfold-conda/bin:${PATH}" cd /home/ubuntu JOBROOT=/fsx/colabfold/job UNIREFDB=uniref30_2202_db # $1: SEARCH_JOBID, $2: TEMPORARY_DIR_PATH mkdir $JOBROOT/$1 mv $2/* $JOBROOT/$1/ export XLA_FLAGS=--xla_gpu_force_compilation_parallelism=1 colabfold_batch --amber --templates --num-recycle 3 --use-gpu-relax --model-type auto $JOBROOT/$1/msas/ $JOBROOT/$1/output/ # ジョブ完了時に SNS を使ってメールで通知するサンプル # aws sns publish --subject "ColabFold: Job ID \${$1} Completed" --message "ジョブ完了通知: ジョブID: \${$1} の実行が完了しました" --topic $SNS_TOPIC --region 'us-east-1'